種子冷庫用于存放各種糧食作物種子，適用于短期種子存放、中期種子保存以及戰略種子庫長期保存，在對種子進行品種改良、培育高產、抗逆性強的新品種研發中應用廣泛。大部分種子冷庫的溫度在0℃~10℃左右，不同種子對冷庫溫度要求不同，可按需求定制。

短期種子冷庫：生產性種子，冷庫相對溫度在15℃~20℃，相對濕度50%~60%，保存種子壽命在1~5年。

中期種子冷庫：流動性種子，冷庫相對溫度在0℃~10℃，相對濕度不大于60%，保存種子壽命在10~30年。

長期戰略種子冷庫：長時間保存種子，冷庫相對溫度在-10℃~-20℃，相對濕度不大于60%，保存種子壽命在30~50年。

種子冷庫也可以根據氣調庫標準進行修建，根據不同種子的需求進行氣調儲藏，可以更有效地提高種子保存質量和時效。

種子冷庫的建設及使用注意事項，除了參考標準冷庫、氣調庫的建設、使用要求外，要額外注意庫區的防水、消防、防曬及自然災害對庫體產生沖擊導致種子腐爛或變質，失去活力，導致生產力嚴重下降。